Le procès était sérieusement commencé depuis le 12 avril.
Ce jour-là Galilée comparut pour la première fois devant le vice-commissaire du Saint-Office, Firenzuola son rival, le moine mathématicien.
Interrogé s’il connaissait le motif qui l’avait fait citer devant l’Inquisition, il répondit qu’il était porté à croire que la publication de son Dialogue sur les systèmes du monde en était le motif. Il exposa ensuite l’origine de ce livre et expliqua les raisons qui l’avaient engagé à passer sous silence devant le padre Maestro la prohibition antérieure du cardinal Bellarmin. « Il n’avait pas, disait-il, jugé nécessaire d’en parler, n’ayant dans cet écrit ni avancé ni défendu le mouvement de la terre et l’immobilité du soleil » ; il avait au contraire démontré que cette opinion était mal fondée ; il avait prouvé l’insuffisance des principes de Copernic.
Le 30 avril eut lieu le second interrogatoire. Comme le 12, il y fut surtout question de la prohibition de Bellarmin et du dialogue. Galilée prononça une longue harangue qu’il termina par les paroles suivantes : « Si, comme je l’espère, la possibilité et le temps me sont accordés pour cela, j’ai l’intention d’établir que je n’ai pas agi dans le sens que l’on suppose, et que maintenant encore je ne tiens pas pour vraie en général l’opinion qui pose en principe le mouvement de la terre et l’immobilité du soleil. Cette déclaration publique me sera facile, puisque vers la fin du livre que j’ai publié les interlocuteurs prennent l’engagement de se réunir de nouveau pour traiter d’autres questions d’histoire naturelle. J’ajouterai donc aux dialogues un ou deux entretiens ; je promets d’y reprendre un à un les arguments favorables à l’opinion fausse et condamnée que je réfuterai de la manière la plus solide ; de celle que Dieu m’inspirera. En conséquence je prie le haut tribunal de m’aider dans cette bonne résolution et de m’en rendre la réalisation possible. »
Devant un pareil langage on hésite entre deux suppositions également affligeantes, également humiliantes pour l’honneur de Galilée. Si, en démentant ainsi les convictions de sa vie il était de bonne foi, on est honteux pour lui d’une aussi triste palinodie ; si, au contraire, il ne cherchait dans ces déclarations mensongères qu’un moyen d’échapper au danger et de sauver sa vie qu’il croyait menacée, on rougit de cet anéantissement de toute volonté et de toute dignité. Peut-être la vérité se trouve-t-elle entre ces deux hypothèses. Tant de combats intérieurs, la pénible lutte des croyances religieuses et des aspirations philosophiques, l’abattement physique et le chaos moral où languissait ce grand vieillard lui arrachaient la conscience de ses actes et la vue nette de ses propres sentiments.
Tant de sacrifices de dignité ne devaient pas le sauver.
L’envie achevait son œuvre : le Pape jaloux et offensé secondait les projets de vengeance des jésuites et des dominicains rivaux. Ce fut donc inutilement que, soumis à un troisième interrogatoire, le 10 mai, Galilée présenta plus longuement encore sa triste défense ; revenant sur tous les points en discussion, expliquant les motifs qui l’avaient porté à enfreindre la défense de Bellarmin, — laquelle, au surplus, ne contenait pas la clause expresse de ne pas traiter en général des deux systèmes du monde ; — affirmant qu’il était sincère dans ses protestations et convaincu de l’immobilité de la sphère terrestre.
Il insista beaucoup sur ce que, avant de publier son livre, il avait rempli toutes les obligations imposées, nécessaires, officielles.
Enfin il invoqua avec larmes la clémence de ses juges.