Drei Tage nach des Pompejus Tode erschien Cäsar vor dem Hafen von Alexandria, der damaligen Hauptstadt Ägyptens. Alsbald kamen die Mörder in der Hoffnung auf eine Belohnung an Bord seines Schiffes und überreichten des Pompejus Haupt und Siegelring. Cäsar wandte sich mit Abscheu von dem Anblick des blutigen Hauptes, aber tränenden Auges empfing er den Siegelring des Mannes, der einst so groß und mächtig und durch Freundschaft und Verwandtschaft mit ihm verbunden gewesen.

Weit entfernt die Schandtat zu belohnen, bewies er sich milde und freundlich gegen die Anhänger des Pompejus, die man in Ägypten ergriffen hatte und in seine Gewalt lieferte. Denn Großmut und Nachsicht gegen besiegte Feinde bildeten den schönsten Zug seines Charakters. Er fand das ägyptische Volk gespalten und aufgeregt durch einen Zwist zwischen dem unmündigen König Ptolemäos und seiner älteren Schwester Kleópatra, die ihm den Thron streitig machte. Cäsar befahl beiden Teilen ihre Heere zu entlassen, und entschied dann zu gunsten der schönen Kleopatra, die ihn durch ihre verführerischen Reize geblendet hatte. Da brach plötzlich, durch die Ratgeber des Königs, Potheinos und Achillas, angestiftet, ein gewaltiger Aufstand in Alexandria aus, gegen den sich Cäsar mit den wenigen Truppen, die er mitgebracht, kaum zu behaupten vermochte. Er zog sich vor der Übermacht in das Brucheion, den schönsten und festesten Teil der Stadt, zurück. Hier bestand er, von jeder Verbindung mit Rom und den Provinzen abgeschnitten, unter der größten Bedrängnis neun Monate lang den Kampf gegen die empörte, vielmal überlegene Menge der Feinde. Um sich den Zugang zum Meere zu öffnen, verbrannte er die ägyptische Flotte im alexandrinischen Hafen, weil er nicht hoffen konnte sie zu erobern. Der Brand ergriff aber auch das Brucheion selbst, und die Hälfte jener berühmten alexandrinischen Bibliothek, die sich hier befand, ward ein Raub der Flammen. Während dieses traurige Schauspiel die Aufmerksamkeit der Einwohner beschäftigte, besetzte Cäsar die kleine Insel Pharos, die vor dem Hafen lag und den berühmten Turm, der als eins der sieben Wunderwerke der alten Welt galt. Von da an drehte sich der Kampf um die Behauptung des Hafens. Die Ägyptier schnitten den Römern das Trinkwasser ab und leiteten Meerwasser in ihre Cisternen. Um der Not abzuhelfen, ließ Cäsar neue Brunnen graben. Bald aber geriet auch die Insel Pharos, die durch einen Damm mit dem Brucheion zusammenhing, in die Hände der Feinde. Vergebens suchte Cäsar sie wiederzunehmen. Er wurde zurückgeschlagen und kam dabei selbst in Lebensgefahr. Denn als er vom Damm in ein Schiff sprang, drohte dieses wegen Überfüllung zu sinken. Da sprang er ins Meer und schwamm unter einem Pfeilregen einige hundert Schritte weit nach einem andern Schiffe, wobei er mit der einen Hand wichtige Schriften emporhielt, um sie nicht vom Wasser verderben zu lassen, und erreichte glücklich das Ufer. Endlich kam die langersehnte Hilfe, die ihm Mithridates, ein angeblicher Sohn des Königs dieses Namens, aus Kleinasien und Syrien zuführte. Dieser eroberte Pelusion; der König Ptolemäos wurde geschlagen und ertrank auf der Flucht im Nil. Nun ergab sich Alexandria dem Sieger (47); Kleopatra ward zwar als Königin von Ägypten anerkannt, das Land aber von einem römischen Heer besetzt gehalten.

Bevor jedoch Cäsar nach Rom zurückkehrte, mußte er noch einen Feldzug gegen Phárnakes, den Sohn des großen Mithridates, unternehmen. Dieser hatte, unzufrieden mit dem kleinen Königreiche, das ihm Pompejus gelassen, das väterliche Reich wieder erobert und gegen alle Römer grausam gewütet. Cäsar brach mit einer Legion gegen ihn auf; durch Syrien und Cilicien gelangte er nach Pontus, wo er den listigen Pharnakes überfiel und ihm in der entscheidenden Schlacht bei Ziéla eine vollständige Niederlage beibrachte (47). Er selbst war von seinem schnellen Sieg so überrascht, daß er an seine Freunde in Rom die berühmten Worte schrieb: „Ich kam, sah, siegte!“ (Veni, vidi, vici.) Pharnakes verlor alle Besitzungen und bald darauf durch einen treulosen Diener das Leben.

Jetzt erst kehrte Cäsar nach Rom zurück, wo seine Gegenwart dringend notwendig war, da ein unruhiger Volkstribun einen Aufstand verursacht hatte, der vielen Bürgern das Leben kostete. Cäsar stellte sogleich die Ruhe wieder her und überhäufte seine Anhänger mit Ehrenstellen und Belohnungen, dann richtete er seine Aufmerksamkeit auf Afrika, wo sich die Anhänger des Pompejus gesammelt und eine bedeutende Macht an sich gezogen hatten. Noch war er mit den Rüstungen zu diesem Kriege beschäftigt, als eine Meuterei unter seinen Legionen ausbrach. Diese standen in Capua und warteten mit Ungeduld auf ihren Abschied, sowie auf die Belohnungen, die er ihnen versprochen hatte. Als er ihnen noch größere Belohnungen versprechen ließ, wenn sie ihm nach Afrika folgen wollten, empörten sie sich und brachen in ihrer Wut nach Rom auf, um sich ihren Lohn mit Gewalt zu holen. Nachdem sie auf dem Marsfelde angekommen waren, trat Cäsar unerwartet unter sie und fragte sie mit fester Stimme, was sie wollten. „Unsere Entlassung“, riefen sie. „Ihr sollt sie haben“, antwortete er, „und auch die versprochenen Geschenke, wenn ich an der Spitze anderer Legionen gesiegt habe und sie zum Triumphe nach Rom führe.“ Hiermit entfernte er sich und überließ die Bestürzten dem quälenden Gedanken, daß nun andere an ihrer statt Ruhm und Lohn neuer Siege ernten würden. Doch noch einmal wandte er sich an sie, aber nun nicht mehr mit der Anrede „Kameraden“ (commilitones), sondern mit der Anrede: „Bürger!“ (Quirītes). Da riefen alle, sie seien keine Bürger sondern Soldaten, und baten ihn sie nach Afrika zu führen.

In Afrika bestand die Macht der Pompejaner aus zehn Legionen, 20000 afrikanischen Reitern und 120 Elefanten; dazu kamen noch die Hilfstruppen des mit ihnen verbundenen Königs Juba von Numidien. Dieser furchtbaren Macht konnte Cäsar nur sechs Legionen und 2000 Reiter entgegenstellen, mit denen er noch in demselben Jahre (47) von Sicilien aus unter Segel ging, um seine Gegner, die ihn in der ungünstigen Jahreszeit nicht erwarteten, zu überraschen. Die Herbststürme jedoch zerstreuten seine Flotte, und er selbst erreichte nur mit 3000 Mann zu Fuß und 150 Reitern die afrikanische Küste. Als er in der Nähe von Adrumetum landete, fiel er dabei zur Erde, aber mit gewohnter Geistesgegenwart rief er aus: „Ich halte dich, Afrika!“ und verwandelte dadurch die schlimme Vorbedeutung, die seine Soldaten leicht in diesem Falle hätten sehen können, in eine gute. Bald auch fand sich die ganze Flotte wieder bei ihm ein, sodaß er im Anfang des Jahres 46 mit 15000 Mann einen Streifzug ins Innere unternehmen konnte. Da wurde er plötzlich von Labiēnus, der einst in Gallien sein bester und erfolgreichster Legat gewesen, und von Petrejus, den er vorher in Spanien besiegt und verschont hatte, mit einer solchen Übermacht angegriffen, daß er nur durch einen geschickt geleiteten Rückzug einer völligen Niederlage entging. Nicht lange darauf aber nötigte er seine Gegner zu der entscheidenden Schlacht bei Thapsus, welche mit der gänzlichen Vernichtung des pompejanischen Heeres endigte (46).

Unter den Häuptern der pompejanischen Partei, die bei Thapsus besiegt wurde, nahm der edle M. Porcius Cato, ein Urenkel jenes Cato, der die Zerstörung Karthagos zu fordern pflegte, den ersten Rang ein. Nach der Schlacht bei Pharsalos war er nach der Provinz Afrika gegangen und hatte dort die Verteidigung der Hauptstadt Utĭca übernommen. Als Cäsar heranzog, um durch die Eroberung dieser Stadt den Krieg zu beendigen, suchte er anfangs die Einwohner zum Widerstande zu bewegen. Da er aber sah, daß sie in ihren Meinungen geteilt waren, so änderte er seinen Plan. Zunächst war er vielen Senatoren mit Geld und Schiffen zur Flucht behilflich; ja, er riet sogar seinem eignen Sohn Marcus zur Flucht; dieser aber weigerte sich standhaft den Vater zu verlassen. Für ihn selbst hatte das Leben ohne den Bestand einer freien Republik keinen Wert mehr, und darum hielt er sich, nach den Grundsätzen der stoischen Lehre, deren eifriger Anhänger er war, für berechtigt sich selbst den Tod zu geben.

Gegen Abend ging er ins Bad und nahm dann mit seinen Freunden ein Mahl ein. Nach dem Essen trank er mit seinen Gästen und unterredete sich mit ihnen über den Satz, daß nur der Weise wahrhaft frei sei. Diese Behauptung verteidigte er mit solcher Wärme, daß allen seine Absicht klar wurde. Es folgte eine ängstliche Stille. Kaum merkte dies Cato, so lenkte er das Gespräch auf einen anderen Gegenstand. Dann nahm er mit besonderer Herzlichkeit Abschied und begab sich in sein Schlafgemach. Hier las er den Phädon, eine Schrift des griechischen Weisen Plato, welche von der Unsterblichkeit der Seele handelt und zugleich den Tod des edlen und weisen Sokrates schildert, zweimal durch, und wollte dann nach seinem Schwerte greifen. Er fand es aber nicht, denn sein Sohn hatte es heimlich entfernt. Er forderte es mit Ungestüm und ließ nicht eher ab, bis man es ihm brachte. Ohne sich an die Bitten und Tränen der Seinigen zu kehren, rief er: „Nun bin ich Herr über mich!“ entließ die Weinenden, las noch und schlief dann bis Mitternacht. Dann erkundigte er sich, ob seinen Freunden die Flucht gelungen sei. Auf die Nachricht, daß sie alle entkommen seien, verschloß er die Tür, stürzte sich in sein Schwert und fiel zu Boden, wobei er einen Tisch mit umriß. Auf das Geräusch eilten die Seinen herbei und verbanden seine Wunde; er aber, wieder zu sich gekommen, riß sie wieder auf und starb an Verblutung.

Als Cäsar bei seinem Einzug in Utica, welches ihm die Tore öffnete, Catos Tod vernahm, sagte er mit aufrichtigem Schmerz: „Cato, ich mißgönne dir deinen Tod, weil du mir deine Erhaltung nicht gegönnt hast!“ Auch verzieh er dem jungen Cato und ließ ihm das väterliche Vermögen. Catos Beispiel folgend gaben sich auch Metellus, Scipio, Juba und Petrejus den Tod. Labienus aber und Sextus Pompejus verzweifelten noch nicht, sondern flohen nach Spanien, um dort den Krieg zu erneuern.