From gslin@colo-p.gslin.org  Sat Nov 13 15:14:37 2010
Return-Path: <gslin@colo-p.gslin.org>
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	Sat, 13 Nov 2010 15:14:36 +0000 (UTC)
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	id E34927E824; Sat, 13 Nov 2010 23:14:35 +0800 (CST)
Message-Id: <20101113151435.E34927E824@colo-p.gslin.org>
Date: Sat, 13 Nov 2010 23:14:35 +0800 (CST)
From: Gea-Suan Lin <gslin@gslin.org>
To: FreeBSD-gnats-submit@freebsd.org
Cc: perl@FreeBSD.org, gslin@gslin.org
Subject: [PATCH] biology/p5-Bio-Phylo: update to 0.29
X-Send-Pr-Version: 3.113
X-GNATS-Notify:

>Number:         152205
>Category:       ports
>Synopsis:       [PATCH] biology/p5-Bio-Phylo: update to 0.29
>Confidential:   no
>Severity:       non-critical
>Priority:       low
>Responsible:    wen
>State:          closed
>Quarter:        
>Keywords:       
>Date-Required:  
>Class:          update
>Submitter-Id:   current-users
>Arrival-Date:   Sat Nov 13 15:20:10 UTC 2010
>Closed-Date:    Wed Nov 17 06:25:37 UTC 2010
>Last-Modified:  Wed Nov 17 06:30:09 UTC 2010
>Originator:     Gea-Suan Lin
>Release:        FreeBSD 7.3-RELEASE-p2 i386
>Organization:
>Environment:
System: FreeBSD colo-p.gslin.org 7.3-RELEASE-p2 FreeBSD 7.3-RELEASE-p2 #0: Mon Jul 12 19:04:04 UTC 2010
>Description:
- Update to 0.29

Port maintainer (perl@FreeBSD.org) is cc'd.

Generated with FreeBSD Port Tools 0.99
>How-To-Repeat:
>Fix:

--- p5-Bio-Phylo-0.29.patch begins here ---
diff -ruN --exclude=CVS /usr/ports/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile /home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/Makefile
--- /usr/ports/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile	2010-11-09 22:15:44.000000000 +0800
+++ /home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/Makefile	2010-11-13 23:12:53.000000000 +0800
@@ -6,7 +6,7 @@
 #
 
 PORTNAME=	Bio-Phylo
-PORTVERSION=	0.28
+PORTVERSION=	0.29
 CATEGORIES=	biology perl5
 MASTER_SITES=	CPAN
 PKGNAMEPREFIX=	p5-
@@ -14,81 +14,82 @@
 MAINTAINER=	perl@FreeBSD.org
 COMMENT=	Phylogenetic analysis using perl
 
-BUILD_DEPENDS=	p5-Exception-Class>1.22:${PORTSDIR}/devel/p5-Exception-Class \
+RUN_DEPENDS=	p5-Math-CDF>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Math-CDF \
 		p5-Math-Random>=0.67:${PORTSDIR}/math/p5-Math-Random \
-		p5-IO-String>=1.05:${PORTSDIR}/devel/p5-IO-String \
+		p5-SVG>=1.07:${PORTSDIR}/textproc/p5-SVG \
+		p5-SWF-Builder>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-SWF-Builder \
+		p5-XML-Twig>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Twig \
 		p5-bioperl>=0:${PORTSDIR}/biology/p5-bioperl \
-		p5-SVG>=1.07:${PORTSDIR}/textproc/p5-SVG
-RUN_DEPENDS=	${BUILD_DEPENDS}
-
-MAN3=	Bio::Phylo.3 \
-	Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \
-	Bio::Phylo::Factory.3 \
-	Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \
-	Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \
-	Bio::Phylo::Forest.3 \
-	Bio::Phylo::Forest::Node.3 \
-	Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \
-	Bio::Phylo::Generator.3 \
-	Bio::Phylo::IO.3 \
-	Bio::Phylo::Listable.3 \
-	Bio::Phylo::Manual.3 \
-	Bio::Phylo::Matrices.3 \
-	Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \
-	Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
-	Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \
-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3 \
-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3 \
-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \
-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \
-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3 \
-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \
-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \
-	Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \
-	Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \
-	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3 \
-	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3 \
-	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3 \
-	Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \
-	Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \
-	Bio::Phylo::NeXML::Writable.3 \
-	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document.3 \
-	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3 \
-	Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element.3 \
-	Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral.3 \
-	Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \
-	Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \
-	Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3 \
-	Bio::Phylo::Parsers::Table.3 \
-	Bio::Phylo::Parsers::Taxlist.3 \
-	Bio::Phylo::Parsers::Tolweb.3 \
-	Bio::Phylo::Project.3 \
-	Bio::Phylo::Set.3 \
-	Bio::Phylo::Taxa.3 \
-	Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker.3 \
-	Bio::Phylo::Taxa::Taxon.3 \
-	Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker.3 \
-	Bio::Phylo::Treedrawer.3 \
-	Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract.3 \
-	Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas.3 \
-	Bio::Phylo::Treedrawer::Gif.3 \
-	Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg.3 \
-	Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf.3 \
-	Bio::Phylo::Treedrawer::Png.3 \
-	Bio::Phylo::Treedrawer::Swf.3 \
-	Bio::Phylo::Treedrawer::Svg.3 \
-	Bio::Phylo::Unparsers::Mrp.3 \
-	Bio::Phylo::Unparsers::Newick.3 \
-	Bio::Phylo::Unparsers::Nexml.3 \
-	Bio::Phylo::Unparsers::Nexus.3 \
-	Bio::Phylo::Unparsers::Pagel.3 \
-	Bio::Phylo::Util::CONSTANT.3 \
-	Bio::Phylo::Util::Logger.3 \
-	Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \
-	Bio::Phylo::Util::Exceptions.3 \
-	Bio::Phylo::Util::StackTrace.3
+		p5-libxml>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-libxml
 
 PERL_CONFIGURE=	yes
 
+MAN3=		Bio::Phylo.3 \
+		Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \
+		Bio::Phylo::Factory.3 \
+		Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \
+		Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \
+		Bio::Phylo::Forest.3 \
+		Bio::Phylo::Forest::Node.3 \
+		Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \
+		Bio::Phylo::Generator.3 \
+		Bio::Phylo::IO.3 \
+		Bio::Phylo::Listable.3 \
+		Bio::Phylo::Manual.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \
+		Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::Writable.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral.3 \
+		Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \
+		Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \
+		Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3 \
+		Bio::Phylo::Parsers::Table.3 \
+		Bio::Phylo::Parsers::Taxlist.3 \
+		Bio::Phylo::Parsers::Tolweb.3 \
+		Bio::Phylo::Project.3 \
+		Bio::Phylo::Set.3 \
+		Bio::Phylo::Taxa.3 \
+		Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker.3 \
+		Bio::Phylo::Taxa::Taxon.3 \
+		Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker.3 \
+		Bio::Phylo::Treedrawer.3 \
+		Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract.3 \
+		Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas.3 \
+		Bio::Phylo::Treedrawer::Gif.3 \
+		Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg.3 \
+		Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf.3 \
+		Bio::Phylo::Treedrawer::Png.3 \
+		Bio::Phylo::Treedrawer::Swf.3 \
+		Bio::Phylo::Treedrawer::Svg.3 \
+		Bio::Phylo::Unparsers::Mrp.3 \
+		Bio::Phylo::Unparsers::Newick.3 \
+		Bio::Phylo::Unparsers::Nexml.3 \
+		Bio::Phylo::Unparsers::Nexus.3 \
+		Bio::Phylo::Unparsers::Pagel.3 \
+		Bio::Phylo::Util::CONSTANT.3 \
+		Bio::Phylo::Util::Logger.3 \
+		Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \
+		Bio::Phylo::Util::Exceptions.3 \
+		Bio::Phylo::Util::StackTrace.3
+
 .include <bsd.port.mk>
diff -ruN --exclude=CVS /usr/ports/biology/p5-Bio-Phylo/distinfo /home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/distinfo
--- /usr/ports/biology/p5-Bio-Phylo/distinfo	2010-11-09 22:15:44.000000000 +0800
+++ /home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/distinfo	2010-11-13 23:06:22.000000000 +0800
@@ -1,2 +1,2 @@
-SHA256 (Bio-Phylo-0.28.tar.gz) = f72e5a9e43502ea9020faa17c9c20e0a4cd5f34db967888547fbce0dc742b835
-SIZE (Bio-Phylo-0.28.tar.gz) = 241143
+SHA256 (Bio-Phylo-0.29.tar.gz) = 8edca450d7c850b78fee92baeea7d99ab0bdefaf1b8cd09eb2a85607f6fe15ea
+SIZE (Bio-Phylo-0.29.tar.gz) = 241051
--- p5-Bio-Phylo-0.29.patch ends here ---

>Release-Note:
>Audit-Trail:
Responsible-Changed-From-To: freebsd-ports-bugs->perl 
Responsible-Changed-By: edwin 
Responsible-Changed-When: Sat Nov 13 15:20:27 UTC 2010 
Responsible-Changed-Why:  
Over to maintainer (via the GNATS Auto Assign Tool) 

http://www.freebsd.org/cgi/query-pr.cgi?pr=152205 
Responsible-Changed-From-To: perl->wen 
Responsible-Changed-By: wen 
Responsible-Changed-When: Mon Nov 15 08:45:53 UTC 2010 
Responsible-Changed-Why:  
I'll take it. 

http://www.freebsd.org/cgi/query-pr.cgi?pr=152205 
State-Changed-From-To: open->closed 
State-Changed-By: wen 
State-Changed-When: Wed Nov 17 06:25:35 UTC 2010 
State-Changed-Why:  
Committed. Thanks! 

http://www.freebsd.org/cgi/query-pr.cgi?pr=152205 

From: dfilter@FreeBSD.ORG (dfilter service)
To: bug-followup@FreeBSD.org
Cc:  
Subject: Re: ports/152205: commit references a PR
Date: Wed, 17 Nov 2010 06:24:44 +0000 (UTC)

 wen         2010-11-17 06:24:38 UTC
 
   FreeBSD ports repository
 
   Modified files:
     biology/p5-Bio-Phylo Makefile distinfo 
   Log:
   - Update to 0.30
   
   PR:             ports/152205
   Submitted by:   Gea-Suan Lin <gslin@gslin.org>
   
   Revision  Changes    Path
   1.18      +74 -73    ports/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile
   1.11      +2 -2      ports/biology/p5-Bio-Phylo/distinfo
 _______________________________________________
 cvs-all@freebsd.org mailing list
 http://lists.freebsd.org/mailman/listinfo/cvs-all
 To unsubscribe, send any mail to "cvs-all-unsubscribe@freebsd.org"
 
>Unformatted:
